Lunds universitet, Naturvetenskapliga fakulteten, biologiska institutionen

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens 100 främsta lärosäten. Här finns 40 000 studenter och 7 400 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.

Vid Naturvetenskapliga fakulteten bedrivs forskning och utbildning inom biologi, astronomi, fysik, geovetenskap, kemi, matematik och miljövetenskap. Verksamheten bedrivs vid nio institutioner samlade inom norra universitetsområdet. Fakulteten har ca 1500 studenter, 330 forskarstuderande och 700 anställda.

Arbetsuppgifter - Genetisk diversitet inom malaria infektioner

När man försöker att förstå utfall av värd-parasit-interaktioner är det oftast den genetiska variationen hos värd-individerna som har studerats. Mindre hänsyn har tagits till den genetiska variationen av de patogener som utgör infektionerna och hur denna variation påverkar hur sjuk värd-individen blir. När en värd blir infekterad av en patogen så startar sällan infektionen av en enda patogen "individ" utan av ett flertal patogen, dvs. en patogen population, som kan bestå av genetiskt olika "individer". När patogenerna väl har invaderat värden kan olika genetiska varianter av patogen nå olika framgångar. Vissa kan vara framgångsrika nog att överleva och reproducera i värden medan andra antingen nerkämpas av värdens immunförsvar eller saknar rätt genetiska verktyg för att kunna invadera värdcellerna. Detta doktorandprojekt fokuserar på den genetiska variationen som utgör fågelmalaria-infektioner. Fågelmalaria är släkt till de Plasmodium parasiter som orsakar malaria hos människor, men består av mer än tusen olika arter som kan infektera fåglar både i tempererade och tropiska delar av världen. När en infekterad mygga suger blod från en fågel, sprutar den samtidigt in en mängd haploida malaria-sporozoiter i fågeln. Eftersom sporozoiterna kan vara genetiskt olika kan de också nå olika framgångar när de reproducerar sig i fågeln. Med hjälp av olika NGS-sekvenseringstekniker kan vi nu kvantifiera och undersöka parasiternas haplotyp-population både mellan olika infekterade värdar men också följa hur haplotyp-populationen förändras under en specifik infektion. Vi söker nu en motiverad bioinformatikorienterad doktorand, med bakgrund inom evolutionsbiologi. Syftet med projektet är att utveckla verktyg för att kvantifiera haplotypdiversitet inom och mellan infektioner och tillämpa dessa metoder för att studera 1) om och hur variationen varierar över infektioner inom och mellan individer 2) om variation är relaterad till infektionsutfall 3) Om selektion av haplotyper verkar mellan arter, både under experimentella förhållanden och i naturliga populationer.

Kvalifikationer

1. BSc eller MSc i Bioinformatik eller Biologi (med dokumenterad färdighet inom bioinformatik), helst men inte nödvändigt med bakgrund inom evolutionsteori och ekologi.
2. Praktiska färdigheter i; a) UNIX / LINUX, b) hantering av stora dataset genererade genom NGS-sekvensering, c) assemblering och expressionsanalys av transkriptomdata. d) variant calling analyser
3. Vissa färdigheter inom Molekylär laboration
4. En god förståelse av statistik både praktiskt och konceptuellt.
5. Utmärkt Engelska i tal och skrift
6. Villighet att bedriva fältarbete

Behörighet

Grunderna för bedömning:
Kandidaterna kommer att utvärderas utifrån följande kriterier:1. Möjligheten att arbeta självständigt, formulera och lösa vetenskapliga problem.2. Relevans och kvalitet på kvalifikationer, erfarenheter och publikationer och/eller examensprojekt.3. Tydligheten i skriftlig och muntlig kommunikation.4. För att underlätta bedömningen krävs att kandidaterna tillsammans med deras ansökan lämnar in ett motiveringsbrev om varför de vill göra en doktorsexamen i ekologi och evolution inom det beskrivda projektet (1/2 sida).
Grundläggande behörighet till utbildning på forskarnivå har den som har: avlagt examen på avancerad nivå, fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Bedömningsgrund

Bestämmelser för anställning som doktorand återfinns i förordning SFS 1998:80. Som innehavare får enbart förordnas den som är antagen till utbildning på forskarnivå. Vid tillsättning skall avseende främst fästas vid graden av förmåga att tillgodogöra sig forskarutbildningen. Förutom skyldighet att ägna sig åt egen forskarutbildning kan innehavaren åläggas att fullgöra tjänstgöring som avser utbildning, forskning och administrativt arbete enligt särskilda bestämmelser i förordningen.

Villkor

Tidsbegränsad anställning fyra år enligt HF 5 kap 7§.

 

Anställningsform Visstidsanställning längre än 6 månader
Löneform Månadslön
Antal lediga befattningar 1
Sysselsättningsgrad 100 %
Ort Lund
Län Skåne län
Land Sverige
Referensnummer PA2018/174
Kontakt
  • Olof Hellgren, Lektor, +46 46 222 17 83
  • Elin Johansson, personaladministratör, +46 46 222 79 21
Facklig företrädare
  • OFR/ST:Fackförbundet ST:s kansli, 046-222 93 62
  • SACO:Saco-s-rådet vid Lunds universitet, 046-222 93 64
  • SEKO: Seko Civil, 046-222 93 66
Publicerat 2018-02-02
Sista ansökningsdag 2018-03-10

Tillbaka till lediga jobb